FC Seoul

Năm 2003, sau khi tốt nghiệp trường Trung học Daesin và rời khỏi đội bóng, Jung Jo-Gook gia nhập FC Seoul (sau đó còn được biết với tên Anyang LG Cheetahs), nơi anh thi đấu ở vị trí tiền đạo cho đội bóng. Anh ghi 12 bàn sau 32 trận trong mùa giải ra mắt và nhận được giải thưởng Lính mới xuất sắc nhất năm của K League năm 2003. Tuy nhiên, phong độ tốt không kéo dài lâu và anh trải qua giai đoạn khó khăn đến năm 2007 vì chấn thương liên tục. Ở nửa sau năm 2008, anh trở lại với màn trình diễn tốt và ghi 8 bàn sau 14 lần ra sân. Tại K League 2010, sau 7 năm anh lại có số bàn thắng lên đến 2 chữ số và giúp FC Seoul lên ngôi vô địch mùa giải 2010.

AJ Auxerre

Sau khi cùng với FC Seoul có được danh hiệu K League, Jung đồng ý gia nhập đội bóng tại Ligue 1 của Pháp AJ Auxerre.Sau khi chấp thuận hợp đồng của Auxerre, anh trở thành cầu thủ Hàn Quốc thứ ba thi đấu tại Ligue 1. Ngày 3 tháng 1 năm 2010, Jung ký bản hợp đồng 2,5 năm.[1][2] Anh ra mắt cho AJ Auxerre trước ES Wasquehal ngày 8 tháng 1 năm 2011, vào sân từ ghế dự bị ở phút thứ 62 trong thất bại 1–2 trên sân khách tại Cúp bóng đá Pháp.[3] Ngày 29 tháng 1 năm 2011, Jung ra mắt tại Ligue 1 cho AJ Auxerre, vào sân từ ghế dự bị ở phút thứ 85 trong thất bại 2–0 trước SM Caen.[4]

Trong mùa giải 2010–11, Jung ra sân 15 lần với tư cách cầu thủ dự bị cho Auxerre, ghi 2 bàn thắng. Tuy nhiên, anh mất suất ở đội 1 ngay cả vị trí dự bị trong mùa giải 2011–12, và sau đó ký hợp đồng với kình địch tại Ligue 1 AS Nancy ngày 16 tháng 9 năm 2011, theo dạng cho mượn đến hết mùa giải.[5]

Trở lại FC Seoul

Ngày 6 tháng 7 năm 2012, Jung Jo-gook trở lại FC Seoul và thi đấu đến năm mùa giải 2015 ngoại trừ Ansan Police FC vì nghĩa vụ quân sự.

Gwangju FC

Ngày 11 tháng 1 năm 2016, Jung Jo-gook gia nhập Gwangju FC. Anh có màn trình diễn tốt và có mùa giải thành công nhất trong sự nghiệp khi ghi 20 bàn sau 31 trận. Nhờ đó, anh đoạt danh hiệu Vua phá lưới K League